Asociace výzkumných organizací byla založena v roce 1990 v Brně jako dobrovolné sdružení právnických a fyzických osob, které se zabývají výzkumem a vývojem nebo mají s touto činností společné zájmy. Sdružili se v ní ústavy, organizace i jednotlivci z různých oborů. Jejich společným znakem je orientace na tzv. aplikovaný výzkum a vývoj. Založením Asociace vzniklo v tehdejší ČSFR vůbec první celostátní sdružení na občanských demokratických principech v oblasti vědy, technologií a inovačního podnikání po listopadu 1989. V průběhu roku 1990 dosáhl počet členů Asociace cca 150 a dalších téměř 150 ústavů s ní úzce spolupracovalo. Do jejích aktivit se tak zapojila většina tehdejšího potenciálu čs. aplikovaného výzkumu a vývoje. Další vývoj členské základny Asociace byl ovlivněn jednak transformačním procesem v samotném výzkumu, jednak rozdělením bývalé ČSFR na ČR a SR.